Postural patterns in the first year of life: contributions of maternal physical activity in the pregnancy period
Petrica, João
2019
Estudo preliminar para estimativa da prevalência e distribuição de infeções e coinfeções, aparentes e não aparentes, causadas por helmintas em animais abatidos em matadouros de Portugal
Type
masterThesis
Creator
Title
Estudo preliminar para estimativa da prevalência e distribuição de infeções e coinfeções, aparentes e não aparentes, causadas por helmintas em animais abatidos em matadouros de Portugal
Contributor
Maurício, Isabel
Belo, Silvana
Belo, Silvana
Subject
Helmintas
Fasciola hepatica
Echinococcus granulosus
D. dendriticum
Matadouros
PCR
Nested-PCR
Epidemiologia molecular
Dicroceliose
Fasciolose
Hidatidose/Equinococose
Helminths
Slaughterhouses
Molecular epidemiology
Dicrocoeliasis
Fascioliasis
Hidatidosis/Echinococcosis
Fasciola hepatica
Echinococcus granulosus
D. dendriticum
Matadouros
PCR
Nested-PCR
Epidemiologia molecular
Dicroceliose
Fasciolose
Hidatidose/Equinococose
Helminths
Slaughterhouses
Molecular epidemiology
Dicrocoeliasis
Fascioliasis
Hidatidosis/Echinococcosis
Date
2014-06-23T10:14:09Z
2014-06-23T10:14:09Z
2012
2012-10
2014-06-23T10:14:09Z
2012
2012-10
Description
Dissertação de Mestrado em Ciências Biomédicas, especialidade de Biologia Molecular em
Medicina Tropical e Internacional apresentada ao Instituto de Higiene e Medicina Tropical da Universidade Nova de Lisboa.
As helmintoses em ovinos e bovinos são provocadas principalmente por parasitas dos filos Platyhelminthes e Nematoda. Atualmente estão espalhadas um pouco por todo o mundo, inclusivamente Portugal, desde o Continente Americano (norte e sul) ao continente Asiático, passando pela Europa e algumas regiões do continente Africano, estando a sua incidência relacionada com locais onde existe uma enorme criação de gado. Apesar de a sua prevalência ser muitas vezes subestimada, estão associados a morbilidade e mortalidade animal, levando a perdas económicas em explorações pecuárias, e podem também constituir um problema de saúde pública para humanos, que geralmente são infetados de forma acidental. Este estudo aborda as três espécies principais de helmintas parasitas hepáticos em bovinos e ovinos em Portugal: E. granulosus, a F. hepatica e o D. dendriticum. O principal objetivo deste estudo é estimar a prevalência destas helmintoses, e a sua distribuição, em animais abatidos em matadouros de Portugal, particularmente em ovinos e bovinos, e perceber se a inspeção visual feita em matadouros é suficientemente eficaz para deteção daqueles parasitas, com possíveis consequências para a saúde pública e para estimação de prevalência. As amostras estudadas foram fígado e pulmão, obtidas em dois matadouros da Região Centro de Portugal (Leiria e Pedrogão Grande), a partir de ovinos e bovinos aquando do sacrifício do animal. Foi efetuada a extração de DNA e posteriormente a amplificação por PCR do gene mitocondrial COI e das regiões ITS1 e ITS2 com “primers” descritos na literatura (LCO1490/HCO2198, JB2/JB4.5, BD1/4S e Dd58SF1/Dd28SR1). Para aumentar a sensibilidade de deteção de DNA dos 3 parasitas estudados e permitir assim efetuar um diagnóstico diferencial foram desenhados e testados novos “primers”, internos aos existentes na literatura, desenvolvendo assim uma técnica de Nested-PCR. Posteriormente foram purificados e sequenciados alguns produtos de amplificação das reações de PCR com os “primers” descritos na literatura e analisados do ponto de vista filogenético. Os resultados obtidos indicaram que os “primers” descritos na literatura têm a capacidade de amplificar a região alvo dos parasitas estudados, mesmo na presença de DNA do hospedeiro, e que em nenhuma amostra de ovino e bovino ocorreu a deteção de DNA de quaisquer dos 3 helmintas. A análise filogenética de produtos de PCR obtidos de amostras portuguesas revelou que as sequências obtidas eram muito semelhantes a amostras Europeias e foi encontrado um novo haplótipo para a região ITS1 e ITS2 de F. hepatica na amostra Fasc3 e Fasc4, respetivamente. Os dados obtidos indicam que a prevalência de D. dendriticum e E. granulosus foi estimada entre 0 e 2% (intervalo de confiança de 0.95). Quanto a F. hepatica, detetou-se uma prevalência de 1% com uma margem de 0 a 5% (intervalo de confiança de 0.95).
ABSTRACT: Helminthiases in sheep and cattle are mainly caused by parasites of the phyla Platyhelminthes and Nematoda. These parasites are worldwide spread from the Americas (North and South) to mainland Asia, throughout Europe (including Portugal) and some parts of Africa. Their incidence is related to livestock farms. Although their prevalence is often underestimated, these infections are associated to animal morbidity and mortality, leading to economic losses in livestock, and may also be a major public health problem for humans. This study focused on the three major species of helminths in cattle and sheep in Portugal: E. granulosus, F. hepatica and D. dendriticum. The aim of this study was to estimate the prevalence of these helminth infections, and their distribution from animals slaughtered in abattoirs from Portugal, particularly in cattle and sheep, and estimate if visual inspections are effective in the detection of those parasites. The samples studied were from the liver and lungs of sheep and cattle obtained in two slaughterhouses in the Central Region of Portugal (Leiria and Pedrogão Grande) at the time of the slaughter. Genomic DNA was isolated and mitochondrial COI gene, ribosomal ITS1 and ribosomal ITS2 regions amplified by PCR using primers described on literature (LCO1490/HCO2198 and JB2/JB4.5 for COI, and BD1/4S and Dd58SF1/Dd28SR1 for ITS 1 and 2, respectively). To increase the DNA detection sensitivity and to allow differential diagnosis, we designed primers for nested-PCR. Amplification products were purified, sequenced and phylogenetic analyzed in relation to available published sequences. Results indicated that primers LCO1490/HCO2198 only amplify well the host DNA. The other primer combinations amplified the parasites target region, even in the presence of host DNA, but were not parasite species specific. On the sheep and cattle samples there was no detection of parasite DNA. The phylogenetic analysis of PCR products sequences from adult parasites of E. granulosus, F. hepatica and D. dendriticum revealed that these were similar to others previously found, including samples found in Europe. However, it was found that the collected F. hepatica specimen had a new ITS1 and ITS2 region haplotype. The prevalence rate of D. dendriticum and E. granulosus was estimated to be around 0 and 2% (confidence level of 0.95). F. hepatica prevalence rate calculated was 1% with a margin of error about 0 and 5% (confidence level of 0.95).
Fundação para a Ciência e Tecnologia no âmbito do Projeto Estratégico PEst-OE/SAU/UI0074/2011 da UPMM
As helmintoses em ovinos e bovinos são provocadas principalmente por parasitas dos filos Platyhelminthes e Nematoda. Atualmente estão espalhadas um pouco por todo o mundo, inclusivamente Portugal, desde o Continente Americano (norte e sul) ao continente Asiático, passando pela Europa e algumas regiões do continente Africano, estando a sua incidência relacionada com locais onde existe uma enorme criação de gado. Apesar de a sua prevalência ser muitas vezes subestimada, estão associados a morbilidade e mortalidade animal, levando a perdas económicas em explorações pecuárias, e podem também constituir um problema de saúde pública para humanos, que geralmente são infetados de forma acidental. Este estudo aborda as três espécies principais de helmintas parasitas hepáticos em bovinos e ovinos em Portugal: E. granulosus, a F. hepatica e o D. dendriticum. O principal objetivo deste estudo é estimar a prevalência destas helmintoses, e a sua distribuição, em animais abatidos em matadouros de Portugal, particularmente em ovinos e bovinos, e perceber se a inspeção visual feita em matadouros é suficientemente eficaz para deteção daqueles parasitas, com possíveis consequências para a saúde pública e para estimação de prevalência. As amostras estudadas foram fígado e pulmão, obtidas em dois matadouros da Região Centro de Portugal (Leiria e Pedrogão Grande), a partir de ovinos e bovinos aquando do sacrifício do animal. Foi efetuada a extração de DNA e posteriormente a amplificação por PCR do gene mitocondrial COI e das regiões ITS1 e ITS2 com “primers” descritos na literatura (LCO1490/HCO2198, JB2/JB4.5, BD1/4S e Dd58SF1/Dd28SR1). Para aumentar a sensibilidade de deteção de DNA dos 3 parasitas estudados e permitir assim efetuar um diagnóstico diferencial foram desenhados e testados novos “primers”, internos aos existentes na literatura, desenvolvendo assim uma técnica de Nested-PCR. Posteriormente foram purificados e sequenciados alguns produtos de amplificação das reações de PCR com os “primers” descritos na literatura e analisados do ponto de vista filogenético. Os resultados obtidos indicaram que os “primers” descritos na literatura têm a capacidade de amplificar a região alvo dos parasitas estudados, mesmo na presença de DNA do hospedeiro, e que em nenhuma amostra de ovino e bovino ocorreu a deteção de DNA de quaisquer dos 3 helmintas. A análise filogenética de produtos de PCR obtidos de amostras portuguesas revelou que as sequências obtidas eram muito semelhantes a amostras Europeias e foi encontrado um novo haplótipo para a região ITS1 e ITS2 de F. hepatica na amostra Fasc3 e Fasc4, respetivamente. Os dados obtidos indicam que a prevalência de D. dendriticum e E. granulosus foi estimada entre 0 e 2% (intervalo de confiança de 0.95). Quanto a F. hepatica, detetou-se uma prevalência de 1% com uma margem de 0 a 5% (intervalo de confiança de 0.95).
ABSTRACT: Helminthiases in sheep and cattle are mainly caused by parasites of the phyla Platyhelminthes and Nematoda. These parasites are worldwide spread from the Americas (North and South) to mainland Asia, throughout Europe (including Portugal) and some parts of Africa. Their incidence is related to livestock farms. Although their prevalence is often underestimated, these infections are associated to animal morbidity and mortality, leading to economic losses in livestock, and may also be a major public health problem for humans. This study focused on the three major species of helminths in cattle and sheep in Portugal: E. granulosus, F. hepatica and D. dendriticum. The aim of this study was to estimate the prevalence of these helminth infections, and their distribution from animals slaughtered in abattoirs from Portugal, particularly in cattle and sheep, and estimate if visual inspections are effective in the detection of those parasites. The samples studied were from the liver and lungs of sheep and cattle obtained in two slaughterhouses in the Central Region of Portugal (Leiria and Pedrogão Grande) at the time of the slaughter. Genomic DNA was isolated and mitochondrial COI gene, ribosomal ITS1 and ribosomal ITS2 regions amplified by PCR using primers described on literature (LCO1490/HCO2198 and JB2/JB4.5 for COI, and BD1/4S and Dd58SF1/Dd28SR1 for ITS 1 and 2, respectively). To increase the DNA detection sensitivity and to allow differential diagnosis, we designed primers for nested-PCR. Amplification products were purified, sequenced and phylogenetic analyzed in relation to available published sequences. Results indicated that primers LCO1490/HCO2198 only amplify well the host DNA. The other primer combinations amplified the parasites target region, even in the presence of host DNA, but were not parasite species specific. On the sheep and cattle samples there was no detection of parasite DNA. The phylogenetic analysis of PCR products sequences from adult parasites of E. granulosus, F. hepatica and D. dendriticum revealed that these were similar to others previously found, including samples found in Europe. However, it was found that the collected F. hepatica specimen had a new ITS1 and ITS2 region haplotype. The prevalence rate of D. dendriticum and E. granulosus was estimated to be around 0 and 2% (confidence level of 0.95). F. hepatica prevalence rate calculated was 1% with a margin of error about 0 and 5% (confidence level of 0.95).
Fundação para a Ciência e Tecnologia no âmbito do Projeto Estratégico PEst-OE/SAU/UI0074/2011 da UPMM
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